대학원 졸업 후에는 전문연구요원이나 특수사관으로 군복무를 대신해 전공 공부를 계속할 수 있다.

◆ 전문연구요원

전문연구요원제도는 현역병입영대상자와 공익근무요원 대상자가 전공지식을 살려 학문과 기술 연구 분야에서 4년 동안(2005년 7월부터는 복무기간이 3년) 종사하는 것으로 군복무를 대신하는 제도이다.

현역병입영대상자는 석사 학위 이상의 학위를 취득해야 지원가능하며, 공익근무요원 대상자 중 자연계 학생은 학사학위만 취득해도 지원할 수 있다. 별도의 시험은 없으며, 모집을 원하는 지정연구소나 업체에서 별도로 선발한다. 2005년 전기모집에서는 수도권 지역 모집정원 219명(전체 모집정원 312명) 중 서울대생 149명이 지원해 그 중 142명이 합격했다.

한국해양연구소에서 근무하고 있는 윤근항씨(조선해양학과ㆍ석사졸업)는 “경력이 인정되고 계속 전공 연구를 이어나갈 수 있으며, 일반연구원과 같은 수준의 연봉을 받아 장점이 많다”고 말하며 “석사연구원과 박사연구원 모두 지원 가능하나, 박사학위를 받은 후 근무하는 것이 이후에 진급 등에서 더 유리한 경우가 많다”고 밝혔다.

◆ 특수사관
특수사관은 전산사관, 통역사관, 법무행정사관, 경리사관, 간호사관 등이 있다.  군복무 기간은 3년이지만, 훈련기간을 포함하면 실제 복무 기간은 3년 4개월이다. 

석사학위 이상을 취득하면 특수사관 중 육ㆍ해ㆍ공군사관학교 교수, 육군 3사관학교 교수, 전산사관에 지원할 수 있다. 이 중 교수로 군복무를 하기 위해서는 학부과정의 전공과 석사과정의 전공이 일치해야 한다. 경리사관, 군악사관, 통역사관 등은 학사학위만 취득하고도 지원할 수 있다. 선발은 각 사관마다 다르나 일반적으로 서류전형(수능성적, 대학 및 대학원 성적, 사회경력), 신체검사, 체력검사, 면접과정을 거친다. 매년 말에 모집하며, 합격하면 장교로 3년간 복무한다.

특수사관으로 지원해 공군사관학교에서 생도들을 가르치고 있는 윤범기씨(정치학과ㆍ석사졸업)는 “사관생도의 수가 갈수록 줄어 교수인원도 줄어드는 추세에 있다”며 “모집정원이 유동적이기 때문에 지원하고자 하는 사람은 모집정원 상황을 수시로 알아두어야 한다”고 말했다. 육군 3사관학교에서 교수로 복무하고 있는 이영재씨(정치학과ㆍ석사졸업)는 “군에서 교수로 복무한 것이 유학갈 때 경력으로 인정돼 좋다”고 말했다.